Πέντε μήνες μετά τη χειροτονία του, ο Θεοφιλέστατος Επίσκοπος Αλμωπίας κ. Στέφανος έχει αναδειχθεί σε φωτεινό παράδειγμα αφοσίωσης και ποιμαντικής ευθύνης, ενισχύοντας το έργο της Ιεράς Μητροπόλεως Εδέσσης, Πέλλης και Αλμωπίας υπό την καθοδήγηση του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτη κ. Ιωήλ.
Η πορεία του Επισκόπου Στεφάνου στην Εκκλησία ξεκίνησε το 1996, όταν εκάρη μοναχός και χειροτονήθηκε διάκονος από τον μακαριστό Μητροπολίτη Εδέσσης, κυρό Χρυσόστομο. Το 1998, χειροτονήθηκε πρεσβύτερος και έλαβε το οφφίκιο του αρχιμανδρίτη. Το 2000, ανέλαβε καθήκοντα προϊσταμένου του Ιερού Ναού Αγίων Νικάνδρου και Ιωαννικίου Αριδαίας και αρχιερατικού επιτρόπου Αλμωπίας, όπου ανέπτυξε πλούσιο ποιμαντικό και κοινωνικό έργο. Το 2002, διορίσθηκε πρωτοσύγκελλος από τον Σεβασμιώτατο Μητροπολίτη κ. Ιωήλ και χειροθετήθηκε πνευματικός-εξομολόγος.